既然激光切割機的煙塵危害巨大，那么除塵工作就勢在必得，而對于數控激光切割機除塵，通常有兩種方法進行，濕式除塵法和干式除塵法。其中濕式除塵法多用于等離子切割，而干式除塵法適用多種切割設備。
1、干式除塵法
相對于濕式除塵法，干式除塵法適用于各種數控激光切割機除塵，主要是為切割平臺增加一套煙塵捕捉裝置，將捕集到的煙塵直接輸送到煙塵過濾凈化設備，經過處理達標后再進行排放。因為等離子切割產生的煙塵基本形成于工件切口的下方，所以常用抽氣式負壓切割平臺進行煙塵的抽取；而火焰激光切割機的煙塵散出方向并不統一，所以常用除塵罩跟隨割槍進行煙塵吸取，同時配合工件下方的負壓平臺全方位除塵。同時這種干式除塵法還適用于激光激光切割機的除塵。
為了節省投資和提高抽風效率，以小的送風量達到的煙塵采集量，一般只對正處于切割的區域進行吸塵處理。因此切割平臺沿著激光切割機主導軌方向會被分成若干個均勻的密閉小區域，旁側開有出風口。由于干式除塵方式結構簡單、工作可靠、除塵效果較好而被廣泛使用。
2、濕式除塵法
濕式除塵法多用于數控等離子激光切割機的除塵，主要是將切割工作臺改為由鋼構件組成的有序，通過將工件頂卡在水平面或水平面以下。
（1）當數控等離子激光切割機的割槍進行水平面作業時，等離子弧的鄰近被一層通過水泵抽取蓄水槽中的循環水而形成的水簾籠罩，極大地操控了切開過程中發生的噪聲、煙塵、弧光及金屬蒸氣等污染物對環境形成的損害。
（2）當水面下作業時，工件放置在水面下75mm左右，割槍下水時，會先用壓縮氣流將割槍噴嘴端面附近的水排開，然后再引燃等離子弧進行切割。在作業時通過水泵及蓄水箱，用灌水排水的方法維持水位。
在進行水平面作業時，濕式除塵法能夠明顯減少切割時的煙塵，但由于壓縮空氣的沖擊，仍有一些煙塵外溢，治理效果不是很理想；如果將切割材料放置于水槽的下面，雖然能夠消除有害、有毒氣體對操作者和車間環境的危害，但會影響切割效率，即切割速度下降，上下料輔助時間會加長，對與切割鋁鎂等金屬材料還需要防爆，防工件位置移動，更重要的是還會產生水污染。由于切割產生的煙塵化學成分復雜，水污染治理起來相當困難，成本也非常高。
